序章
单细胞测序技术,是指在单个细胞水平上对其携带的遗传信息进行测序,广泛应用于新物种鉴定、病原筛查、神经科学、肿瘤异质性研究以及循环肿瘤细胞等方面。
单细胞测序主要包括单细胞基因组测序技术、单细胞转录组测序技术、单细胞表观遗传测序技术、单细胞蛋白质组学测序技术、单细胞多组学联合分析等方面。
单细胞测序技术主要过程包括:单细胞样本准备、细胞富集,单细胞分离,建库、测序五部分。
单细胞测序技术流程
磁珠/微球在单细胞测序中有哪些作用?
这得从现有的技术平台原理解析开始,下面以单细胞转录组测序技术为例。
目前,单细胞测序目前已进入2.0时代,高通量单细胞捕获有两大策略,一种是微流控芯片技术,以10XGenomics、Drop-seq、inDrop为代表。另一种,微孔板(microwell)技术,以BDRhapsody、Seq-Well为代表。
微流控芯片技术平台:1个液滴=1个细胞+1个凝胶微球=1个RNASeq
微流控芯片技术是将单个细胞和单个凝胶微球包裹在一个液滴内,细胞裂解释放mRNA,通过逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA;液体油层破坏后,cDNA后续进行文库构建,使用测序平台对文库进行测序检测,即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据,10min内自动完成上万个细胞的捕获,从而达到在单细胞水平进行表达测序的目的。
适用范围:
直径40μm以下细胞(受仪器管道直径限制)。
大规模细胞样本,适用于分群、谱系等研究。
图:10xGenomics平台利用微流控技术,将带有CellBarcode的凝胶微珠和单个细胞包裹在同一个“油包水”液滴中。(图片来源10xGenomics
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