作为近10年生命科学领域最火的测序技术,单细胞技术在过去十年间获得国家自然科学基金资助总额达到了6亿元,文章数量增长了20倍。而与之对应的,单细胞测序市场规模增长了10倍,相关公司达到了50多家。其中,在研或已转产的单细胞测序仪公司共有12家,对应的单细胞测序仪器也有两大类(液滴法和微孔法)共12种。基于上述信息,小编对目前市场上的单细胞测序平台进行详细盘点,以飨读者。
单细胞年度发文量变化趋势
1.0
绝对的垄断者——10x和BD平台
在单细胞测序领域,10x和BD平台以每年近万篇的科研成果和95%的市场份额成为绝对的垄断者,尤其是10xGenomics公司生产的微流控单细胞测序仪,是单细胞“科服商”的信仰。
(1)10xGenomics—Chromium平台
10xGenomicsChromium单细胞平台通过微流控芯片技术获得单细胞反应体系,并在传统文库构建的基础上引入标签,通过追溯标签序列将众多mRNA、表面蛋白信息定位回原来的单个细胞。用于完成单细胞3’和5’RNA测序文库构建以及单细胞表面蛋白检测文库构建等。
10xGenomics的捕获原理
平台特点:
细胞通量高:一次可以同时做8个样本,细胞通量高达+个细胞;
捕获率高:细胞捕获率最高可达65%;
短时高效:十几分钟内可完成上万个细胞封装,一天内获得测序文库;
双细胞发生率低:多细胞率低于0.9%/cells;
针对V(D)J分析,可检出单个细胞的配对的TCR/BCR双链V(D)J全长序列;
针对ATAC分析,线粒体污染率低于2%;
适用性广:可进行单细胞转录组,免疫组,蛋白组,表观组多组学研究。
(2)碧迪医疗—BDRhapsody平台
BD公司推出Rhapsody单细胞分析系统,能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签,实现单细胞水平上基因表达谱的绝对定量。同时,每个细胞也会被标记特异性细胞标签,使得高通量平行建库成为可能。结合Rhapsody特有的单细胞分离技术,单次实验可制备-0个单细胞文库,用户可根据需求定制引物,将检测范围集中在目标基因,大幅降低后续测序成本。
Rhapsody平台的捕获原理
平台特点:
高样本兼容性:实现多样本混合捕获,微孔板的孔数高达22万个;
超高捕获效率:细胞捕获率最高可达80%;
实时观察:备成像系统,可观察细胞相关信息;
适应性广:可以实现转录组-蛋白组联合分析。
2.0
新兴的挑战者——国产单细胞平台
正如资本从不会放过任何市场机会一样,科学研究者也从不会只屈服于一种技术。近5年来,国内的科研人员和公司厂家一起努力,不断突破技术封锁,发布了一个又一个国产单细胞测序平台。我们按照发布时间,对10个国产单细胞平台进行依次介绍。
国产单细胞平台发展史
(1)华大智造—DNBelabC4
作为国产制造的“国货之光”,华大智造推出的DNBelabC4重新定义了单细胞测序研究,开启了千万细胞、超高通量的研究时代。
DNBelabC4采用自主设计的捕获磁珠,平均单个磁珠表面修饰有条捕获序列,能够高效捕获目的分子;同时引入了自主研发的多磁珠识别技术,可有效提高细胞捕获效率以及获取细胞完整信息。此外,DNBelabC4小巧便携,被称为“装进口袋的单细胞实验室”。目前已官宣引进DNBelabC4的公司包括不限于:吉因加、嘉因生物、安诺优达、格致博雅、华银康医疗、裕策生物科技等(数据截止到年7月1日)。
DNBelabC4的多磁珠识别技术
平台特点:
投入细胞:-;
捕获效率:30%-60%;
多胞率:<8%;
性比价高:成本低,特别适合大样本量、超多细胞数据量。
(2)新格元—SingleronMatrix
SingleronMatrix采用定制化微孔芯片的方式,搭配配套模块,可将单细胞悬液分散到微流控芯片的微孔阵列中,并自动完成细胞分离、细胞裂解、核酸捕获、及其它后继步骤。操作人员仅需在实验开始前期,在模块对应的试剂槽中添加指定剂量试剂即可,无需进行人工值守,该仪器极大简化了单细胞测序文库构建的操作过程,增加了结果的稳定性及重复性,提高了整个样品制备的效率。此外,SingleronPythoN组织解离仪的解离成功率高达92%,常规样本解离后得到的细胞活性90%,细胞得率0cells/mg。
SingleronMatrix仪器
平台特点:
细胞捕获数:-/芯片;
高稳定性:自动化操作,提高稳定性;
适用性广:适用各种细胞类型,能同时进行转录组和免疫组库研究。
(3)寻因生物—SeekoneDD
SeekOne是寻因生物自主研发拥有知识产权的高通量单细胞建库平台,包含单细胞标记两大主流技术:油包水法SeekOneDD和微孔芯片法SeekOneMM。
SeekOneDD是国内首个商业化的油包水单细胞平台,其优势是3分钟生成15万微液滴,避免RNA的降解,高效完成单细胞的分离标记,搭配寻因生物相对应的试剂盒可以完成不同的科研需求;SeekOneMM系统最大的优势是无需配备大型仪器,高度便携化的设计可满足更多实验需求。
SeekOneDD系列产品
平台特点:
通量灵活:一次可运行1~8个样本;单个通道最高可捕获1.2W个细胞;
细胞捕获率:细胞捕获率高达60-65%;
多胞率:<7%;
兼容性好:能兼容5~40μm不同类型的细胞。
(4)达普生物—Galaxy星海
Galaxy星海单细胞测序建库仪其基于专利的微流控油包水单细胞包裹技术与微球编码配套技术,可快速实现大量单细胞及其转录组的标记,高效完成单细胞包裹与单细胞测序文库构建。其中转录组测序解决方案包括Galaxy系统及配套转录组全套建库试剂盒(试剂、芯片、磁力架等)、生信分析软件StarScope。从仪器到配套试剂耗材,实现全面国产化。
此外,Galaxy星海仪器设计灵活,便于下游实验接驳,还可用于上下游蛋白与细胞层面的其他应用,如单克隆抗体筛选,微生物研究等,为单细胞研究提供更加广阔的应用场景。
Galaxy星海单细胞系列仪器
平台特点:
细胞捕获数:-个细胞;
灵活设计芯片:1-4样本,单次可灵活选择样本数,节省实验成本;
细胞捕获率:≥50%;
平台兼容性:同时兼容Illumina测序系统和T7测序。
(5)万乘基因—10KGenomics
万乘基因的10KGenomics液滴微流控单细胞测序仪搭载自主研发芯片,核心部件实现全国产化,用户可以根据样本数量选择芯片数目,兼顾高通量、高捕获率和应用灵活性,相比进口设备更贴合临床和工业使用需求。
万乘基因优化了细胞核测序的技术,在大大降低对样本量需求的前提下细胞核核产出率数倍于细胞消化,且检出基因数远优于当前10xGenomics平台的解决方案。此外,在单细胞测序样本制备完成后,采用固定及冰冻保存方式,相比传统的新鲜样本或者样本保存液方式,保存时间更长,便于对临床样本开展回溯性单细胞分析。
10KGenomics单细胞仪器
平台特点:
高通量:可同时检测4个样本,每个样本可测个细胞,且每个样本独立运行;
高捕获率:一次性可获得-个有效细胞,捕获率在50%以上;
多种应用途径:同时进行单细胞转录组、DNA、ATAC、甲基化、Chip-seq(
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